Si può fare risalire la nascita della Biblioteca di Filosofia alla fine degli anni Cinquanta, dopo il completamento del restauro dell'antico Ospedale Maggiore di Milano che oggi ospita la sede centrale dell’Ateneo, fortemente danneggiato dai bombardamenti durante la Seconda guerra mondiale. I due Istituti di Filosofia e di Storia della Filosofia si trasferirono dalla sede provvisoria di via della Passione in via Festa del Perdono, nell’attuale ala dell’edificio attiguo al cortile Ghiacciaia. Fino a quel momento i libri di filosofia disponibili presso l’Università degli Studi di Milano erano conservati nella Biblioteca centrale di Facoltà. Contemporaneamente al trasferimento dei due istituti, si ha notizia dell’arrivo di una prima raccolta di qualche centinaio di volumi, che all’inizio vennero conservati nel locale al pianterreno, a fianco degli studi dei docenti.
Negli anni sessanta fu avviato un primo progetto di recupero del locale seminterrato sottostante l'attuale biblioteca finalizzato ad un trasferimento dei volumi al piano inferiore. Fu così affidata a due docenti l'ideazione di uno schema di classificazione funzionale sia al riordino dei libri sia alle nuove esigenze di ricerca degli istituti. Gli incaricati furono il prof. Corrado Mangione, docente di Logica, e la prof.ssa Maria Assunta Del Torre, docente di Storia della storiografia filosofica. Completata la prima ristrutturazione dei locali degli istituti, i volumi vennero trasferiti al piano inferiore. Da quel momento la raccolta iniziò la sua vera crescita in consistenza e parte dei testi di filosofia arrivò progressivamente nei due Istituti di Filosofia e di Storia della Filosofia dalla Biblioteca centrale di Facoltà, su richiesta dei docenti.
Nel 1982 la nascita del Dipartimento di Filosofia, dalla confluenza dei due Istituti di Filosofia e Storia della Filosofia, diede un ulteriore impulso allo sviluppo della biblioteca insieme all'impegno assiduo e costante dei direttori che si sono succeduti. Il 9 settembre 1999 segna un altro importante passo avanti: la Biblioteca di Filosofia, su delibera del Senato Accademico, diventa biblioteca di settore autonomo ed è inserita nel Sistema Bibliotecario di Ateneo. A seguito della riorganizzazione, attualmente la biblioteca è parte del Servizio Bibliotecario di Ateneo.
Per la storia del Dipartimento di Filosofia a cui la biblioteca è profondamente legata, si rimanda all'articolo del prof. Enrico I. Rambaldi, Gli insegnamenti filosofici nella Facoltà di Lettere (1924-1968), in "Annali di Storia delle Università italiane", 11(2007), numero dedicato all'Università degli Studi di Milano.
La biblioteca è ospitata nell'antica Ghiacciaia dell'antico Ospedale Maggiore di Milano, oggi sede delle facoltà umanistiche dell'Ateneo. La valorizzazione di questa struttura è recente: è frutto di una ristrutturazione della fine degli anni Novanta. Il cortile Ghiacciaia, al pari di quello attiguo, della Legnaia, era stato completamente ignorato dal restauro post-bellico, perché ritenuto un'aggiunta posteriore rispetto all'originale progetto del Filarete.
La ghiacciaia era costituita da un bacino cilindrico in cui la neve veniva compressa con strati di paglia, circondato da una seconda muratura ottagonale; nell'intercapedine tra le due murature è possibile vedere ancora oggi le scale che consentivano di percorrere tutta l'altezza del deposito. Fino agli anni Quaranta, all'esterno, nel cortile, il bacino della ghiacciaia era coperto da un piccolo edifico in mattoni con il tetto a spioventi, sormontato da una pigna in pietra, ora collocata nell'angolo a sinistra del cortile. La piccola costruzione è andata distrutta per i bombardamenti durante la Seconda Guerra Mondiale, ma al suo posto è stata costruita una suggestiva copertura a vetri che permette di ammirare anche dall'esterno la ghiacciaia.
La vicinanza dell'Ospedale alla Cerchia dei Navigli, lungo l'attuale via Francesco Sforza, era estremamente utile: gli scavi archeologici hanno riportato alla luce un percorso sotterraneo che metteva in comunicazione la ghiacciaia con alcuni vani sotterranei che si immettevano nel Naviglio. Questi passaggi consentivano di portare la neve e le derrate alimentari direttamente dal Naviglio alla ghiacciaia. La leggera pendenza del corridoio di accesso permetteva invece all'acqua residua di defluire, spontaneamente verso il canale.
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